تنها یک روز پس از آخرین افشاگری روزنامه کیهان از پروژه حسین بشیریه برای کودتای مخملی و فحاشی‌های این جاسوس CIA به پیام فضلی‌نژاد، معاون وزیر اطلاعات امروز چهارشنبه (7 بهمن 1388) در نشست خبری با خبرنگاران رسانه‌ها، به تشریح و تحلیل استراتژی کودتای مخملی و انتخاباتی اصلاح‌طلبان پرداخت و گفت: «حسین بشيريه و ولی‌رضا نصر - كه مشاور اوباما رئيس‌جمهور آمريكا نيز هست - هدايت جريان فكري -آمريكايي- اين جريانات را در دست دارند.» این مقام بلندپایه امنیتی همچنین از جاسوسی مشاور اصلی میرحسین موسوی برای یک سرویس امنیتی اروپا خبر داد، اما هویت این جاسوس ایرانی را فاش نکرد.

::: سخنان معاون وزیر اطلاعات درباره نقش «حسین بشیریه» در فتنه براندازی :::
[در 2 هفته جدال رسانه‌ای پیرامون نقش حسین بشیریه چه گذشت؟] گزارش‌های سایت الف، جوان آن‌لاین، صراط نیوز، سحرنیوز، جنبش سرخ حسینی

سخنان معاون وزیر اطلاعات در حالی ایراد می‌شود که از هنگام ترور شهید مسعود علی‌محمدی در 22 دیماه 1388، رسانه‌های ایران طی 15 روز گذشته صحنه بحث و گفتگو پیرامون نقش «حسین بشیریه» در وزارت کشور دولت اصلاحات برای تئوریزه کردن ترورهای سیاه تحت پوشش پروژه «گذار به دموکراسی» بوده است. روز 23 دی‌ماه، پیام فضلی ‌نژاد در گفتگویی با خبرگزاری رسمی دولت (ایرنا) گفت که حسین بشیریه از تئوریسین‌های کودتای سبز ایران و استاد سید محمد خاتمی در دستورالعملی که سال 1382 برای وزارت کشور تهیه کرده است می‌نویسد که در صورت شکست کودتای مخملی باید به سوی ایجاد جنگ‌های شبه‌نظامی و شورش‌های شهری و ترورهای سیاه رفت. پژوهشگر کیهان تاکید کرد که "روشنفکران سکولار در ترورهای آکادمیک مشارکت دارند."

متن کامل گزارش را در ادامه بخوانید.

واکنش‌های گسترده به این مصاحبه سبب شد تا یک هفته بعد، فضلی‌ نژاد با نگارش مقاله‌ای 2 قسمتی با عناوین «روش‌شناسی ترورهای آکادمیک» و «ترور برای دموکراتیزاسیون» در روزنامه کیهان (29 و 30 دی)، سندی تاریخی و تکان‌دهنده از پروژه‌های حسین بشیریه در وزارت کشور را فاش کند. وی همچنین در روز 30 دی در مصاحبه تفصیلی دیگری با خبرگزاری ایرنا، جزییاتی دیگر از برنامه اصلاح‌طلبان برای کودتای مخملی را فاش کرد و از جزییات نقش بشیریه در راهبری پروژه‌های دولت اصلاحات سخن گفت.

افشاگری روزنامه کیهان و رسانه‌های اصول‌گرا از نقش حسین بشیریه در تئوریزه کردن ترور، این محقق عضو CIA را در روز 1 بهمن‌ماه به واکنش واداشت و سپس اکبر گنجی، رادیو فردا، اعظم طالقانی، سایت تابناک، روزنامه اعتماد و... نیز علیه این افشاگری به موضع‌گیری پرداختند. انتشار گسترده این افشاگری، همچنین سبب شد تا غلامحسین بلندیان (معاون وزیر کشور دولت اصلاحات و معاون فعلی سازمان بازرسی کل) روز 3 بهمن در تکذیبیه‌ای، فضلی‌نژاد را فردی علیل، بیمار و وابسته به بیگانگان بخواند. روز 5 بهمن نیز دومین نامه حسین بشیریه علیه کیهان و پژوهشگر آن در رسانه‌های اپوزیسیون منتشر شد که در آن فضلي ‌نژاد فردی یاوه‌گو و بی‌مایه معرفی شده است.

کیهان در روز 6 بهمن اتهامات و افتراهای معاون اسبق وزیر کشور و بشیریه علیه فضلی‌نژاد پاسخ مشروحی داد و اکنون یک روز پس از آن، معاون وزیر اطلاعات در نشست خبری خود با خبرنگاران رسانه‌ها «حسین بشیریه» را به عنوان یکی از رهبران جریان براندازی نرم معرفی می‌کند.